За идеологијата на организацијата, Петар Поп Арсов (еден од основачите) вели дека „лозунгот бил далеку од Бугарија! Не затоа што Бугарија била виновна за положбата во Македонија, туку затоа што секоја нејзина поврзаност може да им наштети на неа и на делото, кое требало да го зачува својот чист внатрешен македонски карактер“
Oд историските архиви: Идеолошките контури на МРО
Македонската револуционерна организација (МРО), позната и како Внатрешната организација поради нејзиниот македонски карактер, идеолошки се оформила во периодот помеѓу 1893 и 1898 година, но нејзините идеолошките контури биле поставени уште во текот на т.н. Јануарската средба во Солун, која се одржала на 5 јануари 1894 година. На оваа средба, за да се нагласи чистиот македонски карактер, било одлучено организацијата да се вика: Македонска револуционерна организација (МРО), на чело со Централен македонски револуционерен комитет (ЦМРК).
Организацијата била основана врз принципите што биле предложени од Иван Хаџи Николов (еден од основачите): 1) Организацијата да се основа во Македонија, а не во Софија, бидејќи основана во Софија и раководена од Софија, Србите и Грците ќе ја третираат како измислица на бугарското правителство, ќе основаат и тие организации и од нашата организација нема да биде ништо. Поради тоа треба да биде тајна. 2) Основачите да се Македонци, чесни, да се ползуваат со добро име и да живеат во Македонија, за да бидат постојано во контакт со населението во Македонија, да бидат изложени и тие на истата опасност, на каква што ќе бидат изложени и нивните последувачи, преку кои полесно ќе ја спечалат довербата на населението. 3) Лозинката треба да биде Автономија на Македонија. Нашето барање треба да се потпира врз членот 23 од Берлинскиот конгрес за да се надеваме на успех. Да се постигне автономија на Македонија, значи да ја откинеме не само од Турција туку и од Србите и Грците. Оцртани еднаш границите на автономна Македонија, Србите и Грците веќе не ќе можат да бараат делови од неа, кога, ако посакаме присоединување на Македонија кон Бугарија, Србите и Грците ќе посакаат и тие делови од неа. Наша задача треба да биде да ја споиме Македонија цела, а тоа може да биде преку една автономна Македонија. 4) Организацијата треба да биде самостојна и независна. Да нема никакви врски и ангажмани со владите на соседните држави, за да не ѝ влијаат и да не ја обвинуваат дека е орудие на некоја од тие влади и со тоа да предизвика противдејство од страна на другите соседни влади. 5) Од Македонците во Бугарија и од бугарскиот народ ќе бараме морална и материјална поддршка без притоа да ни се мешаат во работата.
За идеологијата на организацијата, Петар Поп Арсов (еден од основачите) вели дека „лозунгот бил далеку од Бугарија! Не затоа што Бугарија била виновна за положбата во Македонија, туку затоа што секоја нејзина поврзаност може да им наштети на неа и на делото, кое требало да го зачува својот чист внатрешен македонски карактер“.
Според Поп Арсов, врз основа на овие принципи се формирал првиот таен комитет за придобивање политички права на Македонија, дадени од Берлинскиот договор, од кои подоцна се развила Внатрешната организација.
Панчо Дорев (Македонец со потекло од селото Пателе, Леринско, истакнат адвокат, јавна личност, дипломат, историчар, во текот на Илинденското востание ја раководел разузнавачката служба на Главниот штаб за Вториот битолски револуционерен округ) кога пишува за Македонска револуционерна организација вели дека таа била формирана од внатрешни луѓе, како Даме Груев, Гоце Делчев и др., сите од внатрешноста. Тие ја поставиле основата на Внатрешната организација, која секогаш стоела на самостојна и независна почва. Таа се борела против сите надворешни туѓи влијанија.
– Дејствително не можам да одречам дека имаше надворешни влијанија и надворешна помош, но јас мислам дека сето тоа беше резултат на деспотскиот режим – нагласува Дорев
За идеолошките контури на Македонската револуционерна организација пишува и Симеон Ефтимов (новинар и член на МРО). Според него, во периодот кога се создавала Внатрешната организација, односно во првите години по нејзиното создавање, организацијата била „обвинувана за недостиг од бугарски патриотизам и недостиг од преданост кон бугарските национални идеи“.
– Организацијата изникнала, израснала и се крепела врз македонското население, а нејзината цел била политичка и културна автономија за Македонија – вели Симеон Ефтимов.
За идеологијата на македонските револуционери пишуваат и странците, а меѓу нив е и Фредерик Мур со книгата „Балканска патека“, објавена во 1906 година. Овој автор вели дела внатрешните дејци сметале дека Македонија како држава, со својата географска положба, би можела да послужи како јадро за конфедерација на Балканот.
– Паролата на Македонците е Македонија за Македонците – пишува Фредерик Мур.
Интересни се и пишувањата на Василиј Василјевич Водовозов, руски публицист, правник, економист, општествен и политички деец. Според овој руски автор, македонските револуционери се плашеле од насилно присоединување на Македонија кон некоја од балканските држави или нејзина поделба. Затоа до 1908 година на своето знаме напишале Македонија за Македонците и мечтаеле за сопствена власт преку автономија.
– До Младотурската револуција, македонските автономисти (Внатрешната организација) мечтаеле за создавање посебно македонско царство, независно од Турција – пишува Василиј Василјевич Водовозов. Д.Ст.