Првото споменување на селото под името Побужда е во 13 век (1258-1277). Како и други села во Скопско, и Побожје му било дарувано на некогашниот скопски манастир „Св. Ѓорѓи“. Второто споменување под името Пребужда е од почетокот на 14 век (1302-1308) во даровница на средновековниот крал Милутин, кој му го доделил на средновековниот горњански манастир „Св. Никита“
Знаменитостите на Македонија
Од градот Скопје, селото е оддалечено 15 километри. Селото поседува поволна местоположба. Северниот дел на атарот изобилува со шуми и пасишта, а во јужниот дел се наоѓа обработливо земјиште. Околни села се Кучевиште на југозапад и Љубанци на исток. Мештаните се снабдувале со вода за пиење од изворот Пералишта, кој извира во средина на селото. Првото споменување на селото под името Побужда е во 13 век (1258-1277). Како и други села во Скопско, и Побожје му било дарувано на некогашниот скопски манастир „Св. Ѓорѓи“. Второто споменување под името Пребужда е од почетокот на 14 век (1302-1308) во даровница на средновековниот крал Милутин, кој му го доделил на средновековниот горњански манастир „Св. Никита“.
Селото се споменува во турските пописни дефтери од 1467/68 година
Според усните кажувања, кога дошле Турците, тие 80 години не стапнале во делот на Скопска Црна Гора, со што областа имала некоја локална слобода, па затоа останале зачувани старите манастири и цркви. Подоцна, некои иселеници од Скопска Црна Гора заминале во вистинската Света Гора. Селото се споменува во турските пописни дефтери од 1467/68 година, како дел од Скопскиот вилает, под името Пабужда, и имало 59 христијански семејства и три вдовици христијанки.
До крајот на турската власт во 1912 година, селото трпело напади од страна на муслиманските жители и не добивало заштита од страна на државата. Во 19 век, селото е дел од нахијата Кара Даг во Скопската каза во Отоманското Царство. Селото учествувало во Народноослободителната и антифашистичка борба на македонскиот народ во Втората светска војна со многубројни борци.
Побошки манастир
Манастирот е сместен на падините на планината Скопска Црна Гора, веднаш над скопското село Побожје, од каде што води тесен асфалтиран пат во должина од еден километар. Манастирот е подигнат во живописната долина на Побошка Река. Се смета дека манастирот, како и голем број црковни споменици во околината на Скопје, бил изграден во 14 век. Првпат е споменат во повелба на кралот Милутин од 1300 година. Во текот на отоманскиот период, манастирот бил едно од верските и културни средишта на овој крај. Манастирот отсекогаш имал монаси. Од манастирскиот комплекс до денес се зачувани: манастирската црква, старите и понови конаци и други помошни стопански објекти.
Црква „Рождество на Пресвета Богородица“
„Рождество на Пресвета Богородица“, позната и како Света Богородица, е главна и единствена манастирска црква на Побошкиот манастир во скопското село Побожје. Црквата, заедно со целиот манастирски комплекс, е прогласена за споменик на културата на Македонија. Црквата се наоѓа во долината на Побошка Река, околу еден километар северно од селото Побожје. Историските податоци навестуваат дека црквата постоела од средниот век. Храмот бил повеќепати поправан во текот на своето постоење. Црквата поседува доста зачуван фрескоживопис. Д.Ст.
Црква „Св. Петка“
Црквата „Св. Петка“ е главна селска црква во селото Побожје, прогласена е за споменик на културата на Македонија. Историските податоци навестуваат дека црквата постоела од средниот век. Се претпоставува дека била подигната во втората половина на 12 век. Црквата претрпела повеќе интервенции во своето вековно постоење. Така, најпрвин била подигната како еднобродна градба со петтострана апсида на источната страна, полукружно засводена. Својот денешен изглед со трибродна диспозиција го добила со доградувањето на триделната припрата во 1855 година, кога првобитната црква се нашла како централен брод. Според зачуваниот натпис над десниот прозорец од внатрешната страна дознаваме дека живописот бил завршен во 1500 година. Меѓутоа, во црквата се сретнуваат фрагменти од живописи од различни периоди. Така, на крајот од нишата, под фреската со ликот на Свети Никола, се наоѓаат фрагменти (од уста и нос) насликани со интензивна боја и со изразит графицизам карактеристичен за втората половина на 12 век. Друг живопис наоѓаме и на јужната фасада, кој потекнува од 14 век.
