Црквата е изградена кон крајот на 11 и во текот на 12 век, и имала исклучително значајна улога во градот. Таа подоцна, пред доаѓањето на османлиите, била седиште на патријаршијата и во неа бил крунисан цар Душан во 1346 година
Постои една тајна сврзана со Скопје и со Старата скопска чаршија, која сѐ уште не е разгатната. Tоа не е каква било тајна. Станува збор за сѐ уште неоткриената местоположба на најголемиот и најзначаен средновековен верски храм, катедралната црква „Св. Богородица Троерачица“. Каде точно се наоѓала таа? Од духовен аспект, црквата била исклучително значајна, во неа биле крунисувани цареви, а големо било почитувањето на народот кон култот на св. Богородица Троерачица. Средновековните сведоштва зборуваат дека таа била „една од најубавите цркви во градот“.
Еден професор од Филозофскиот факултет во Скопје од периодот меѓу двете војни, прецизно вели дека црквата најверојатно била лоцирана „Помеѓу реката Серава и Тврдината“ (Калето). Тоа буквално значи дека се наоѓала во чаршијата, според тогашната топонимија и поделбата на Горен и на Долен Град. Византискиот пратеник и дипломат Теодор Метохит, кој дошол во Скопје во 1299 година, запишал: „Утредента по пристигањето во Скопје, слеговме на богослужба во најубавата црква во градот, ’Св. Богородица Троерачица’. Која била причината за неговото доаѓање во Скопје? Зголемувањето на српската моќ на овие простори ја загрижило Византија, а византискиот император сакал својата малолетна ќерка да ја омажи за кралот Милутин. Тој бизарен брак подоцна бил склучен. Но овде нас нѐ интересира топонимијата на Скопје и мистеријата сврзана со местоположбата на црквата ’Св. Богородица Троерачица‘“. Да бил византискиот дипломат малку попрецизен во описот, денес можеби би знаеле каде се наоѓал значајниот верски објект. Она „слеговме“ упатува на тоа дека црквата се наоѓала некаде долу, под тврдината, но каде? Она „слеговме“, не може ништо попрецизно да ни каже за точното место на црквата. Мистеријата и понатаму останува.
Во познатата Милутинова повелба од 1300 година стои дека „царскиот друм води од Серава кон ’Света Троерачица‘, во правец на патот кон Облиот Пирг (Тркалезната Кула)“. Очигледно е дека станува збор за топоними од чаршијата и тврдината. Во последно време нашиот познат историчар на културата Коста Балабанов застапува една теза дека на местото на сегашната црква „Рождество на Пресвета Богородица“ се наоѓала средновековната црква „Троерачица“. На тоа укажуваат објектите насликани на старата гравура на Скопје на која се прикажани повеќе верски храмови. Инаку, чудотворната икона „Св. Богородица Троерачица“ била донесена од Ерусалим во Скопје околу 1230 година и ѝ била дарувана на катедралната црква. Тоа е посебно интересен податок. На таа икона, постои уште една, трета рака, додадена во долниот агол. Подоцна иконата била пренесена од Скопје во манастирот во Хиландар, и во тој манастир можела да се види во долг временски период.
Авторот на овие редови, кој подолго ја истражува оваа проблематика за средновековната соборната црква во Скопје, откри еден запис што исто така потекнува од периодот меѓу двете војни. Во него се вели дека црквата некогаш можела да се види со поглед упатен од тврдината кон чаршијата. Стоејќи упорно на тој простор на Калето, можат да се лоцираат неколку топоними, кои упатуваат на исчезнатиот објект што подоцна можеби е преадаптиран. Тоа се: „Јахјапашината џамија“, џамиите „Исхак-бег“ и „Султан Мурат“, „Мустафа-паша“ (која се наоѓа најблиску до Калето), но и денешната црква „Рождество на Пресвета Богородица“, со што би се потврдила тезата на историчарот Балабанов. Се чини дека мистеријата сепак останува неразгатната. Црквата е изградена кон крајот на 11 и во текот на 12 век, и имала исклучително значајна улога во градот. Таа подоцна, пред доаѓањето на османлиите, била седиште на патријаршијата и во неа бил крунисан цар Душан во 1346 година.
Во последно време се откриваат некои нови детали на кои порано не сме им обрнувале доволно внимание. Имено, станува збор за оригинални сведоштва, кои велат дека црквата со исто име е преадаптирана со доаѓањето на Турците. Во патописот на надбискупот Андреја Богдани од 17 век, буквално се вели дека во Скопје имало „15.000 куќи од кои само 10 биле католички, со свештеник, кој живее од приходите на лозјата. Во него нема црква, а катедралата на св. Венеранда била многу убава и може да се спореди со италијанските, сега со сите добра ја зазеле Турците и ја претвориле во џамија“. Во текстот што од италијански на македонски го преведе Аленка Лапе се вели дека св. Венеранда на латински значи „многу почитуваната“, се мисли на Богородица. Очигледно, не може да стане збор за друга црква што „била многу убава и може да се спореди со италијанските“, освен катедралната црква „Св. Богородица Троерачица“. Но еве уште едно такво оригинално сведоштво. Скопскиот парох Џовани Кулиновиќ во 1671 година напишал: „Во Скопје (Skopia)… катедралната црква ’Св. Пречесна‘ веќе е претворена џамија“.
Се разбира, сите овие податоци се далеку од тоа да ја решат мистеријата на скопската катедрална црква „Св. Богородица Троерачица“, иако укажуваат на таквите можни патишта. Тоа само зборува за богатата историја на Скопје, верска и световна, при што многу често се откриваат непознати факти. Нема да биде ништо невообичаено ако еден ден се појават нови артефакти за една од најпознатите и најубави скопски цркви – катедралниот храм „Св. Богородица Троерачица“.
