Зачленувањето во Европската Унија предизвикува процес на динамични структурни промени, забрзувани главно под влијание на заедничката аграрна политика на ЕУ. Се менуваат односите помеѓу растителното и сточарското производство, промени во производствената структура на земјоделските производи во однос на секторската поддршка. Заедно со позитивните тенденции, примената на европската (заедничка) политика, предодредена за повисоко економско, технолошко и пазарно ниво на земјоделството, раѓа и многу проблеми.Овие проблеми релативно жестоко се одразија на некои земји примени во последните „квоти“ за прием.
Така, се јавува незадоволство од опаѓање на конкурентноста на овошје и зеленчук, овчарство, говедарство и др. Имено, кај овие производства, во некои земји дошло до увозна зависност иако пред зачленувањето производите биле вишок и се извезувале. Во една земја до вакви проблеми дошло како резултат на примена на шемата за единствено плаќање по површини, при што некои сектори (гранки) се прогласени за ранливи. Тоа налага продлабочена анализа на тековните структурни промени во соодветните сектори заради правилна и правична распределба на задолжителната поддршка поврзана со обврската за одредено производство.
Што претставува моделот ССЕП, односно директна финансиска поддршка на земјоделството во ЕУ или шема на единствено плаќање по површина? Системот е воведен по системот што сега се применува кај нас, односно (по површина за одделни култури и по грло добиток), со тоа што сега не е важно што (кои култури) произведува земјоделецот туку се поддржува вкупната користена површина, што се однесува и на сточарските фарми.
Еве на кои поважни производства и како негативно се одразил овој систем кај една земја-членка на ЕУ со релативно развиено земјоделство.
Производството на зеленчук во последните години прогресивно се намалувало. Површините под зеленчук исто така се намалиле, а дошло и до дефицит на домашната потреба од зеленчук. Нивото на просечните приноси на зеленчук значително е пониско од просечните приноси во ЕУ, што е резултат на користење екстензивни технологии. Специјализацијата во производството на зеленчук опаднала и др.
Површини што се насадени со трајни овошни насади варирале по години. Се создава нова структура по видови овошни насади, за сметка на јаболка и круши, се шират насади со костилкови видови. Просечните приноси кај сите видови овошки се ниски, поради високото учество на овошни градини со екстензивен тип на производство. Урнатите хидросистеми ги доведоа до голема зависност овошните видови од климатските фактори и до нестабилно производство. Производството не може да ги задоволи домашните потреби во поголем обем отколку пред членството во ЕУ. Нивото на поддршка по линијата на директни плаќања по единица површина не е сообразно со специфичностите во одгледувањето на овошните видови и не покажува осетно влијание.
Тенденциите за пораст на просечната големина, како и продлабочувањето на специјализацијата, не води до подобрување на производствените и економските резултати во сточарството. Се намалува производството на кравјо млеко. Нестабилни се по години просечните приноси на млеко. Неефективната работа кај вештачкото оплодување и ветеринарната профилакса се причини за отсуство на модерното говедарство со европски стандарди. Квалитетот на кравјото млеко не е задоволителен, како во однос на европскиот просек, така и во однос на барањата на преработувачите. Повисокиот пораст на цените на добиточната храна во однос на пораста на цената на млекото е една од причините за нерационалната исхрана на приплодните грла добиток. Нерационалната исхрана на кравите и зголемување на бројот на заболувања се причини за ниска продуктивност.
Бројот на овците се намалил за 6,4 отсто, а исто така се намалило и количеството на годишната продукција на млеко како резултат не само на намалување на бројот на приплодните (мајки) овци, туку и поради опаѓање на производството на млеко по грло. Неповолните услови за работа во овчарството, нерентабилното производство поради релативно ниските цени на овчите производи, сезонскиот карактер на млекопроизводството и сл. носат загуби. Козарството во годините по влез во ЕУ исто така бројно се намалува, особено приплодните грла, а во врска со тоа се намалила и продукцијата на козјо млеко.
Рефлексии врз доходот како резултат на добиените финансиски средства (директни плаќања), просечниот нето-доход на земјоделските стопанства на земјата бележи трајна тенденција на зголемување. Во исто време нето-доходот на градинарските стопанства е со сериозна колебливост. Нестабилноста се поврзува со големата зависност од природните климатски фактори, пазарната конкурентност и социјално-економските услови.
Со најниска доходовност се земјоделските стопанства со трајни насади, како резултат на повеќе проблеми – лоша состојба на насадите и нивна амортизираност, низок степен на нови овошни комплекси, екстензивно производство и др. Овие проблеми заедно со ниските вложувања на капитал и труд во овоштарството се причините за ниска продуктивност и низок доход во овој сектор.
Нето-доходот кај преживните животни во земјоделските стопанства е исто така незадоволителен и низок најмногу поради ниската просечна млечност, зголемените трошоци и ниските цени на млекото.
Резултатот од опстојна анализа покажува дека по зачленувањето на земјата во ЕУ, доходите на земјоделските стопанства кај „ранливите“ сектори (производства) се многу пониски од просечниот доход на сите земјоделски стопанства во земјата.